Zadania projektowe MBI 2014L, Adam Dziedzic

Zamieszczony poniżej opis jest hasłowy, dokładniejszy można uzyskać w terminie konsultacji (bardzo proszę o wcześniejsze powiadomienie mnie o chęci spotkania).

Zalecenia do dokumentacji:

1. Bardzo zachęcam do pisania dokumentacji w języku angielskim.
2. Proszę załączyć informację o podziale zadań w projeckie (kto i czym się zajmował).
3. Zalecany jest uniwersalny format pliku dokumentacji, np. pdf.
4. Polecam tworzyć projekt z wykorzystaniem systemu kontroli wersji np. Git oraz przechowywać projekt (oraz dokumentację) w globalnym repozytorium np. Bitbucket lub GitHub.
5. Proszę o przygotowanie listy z kolejnymi etapami projektu, co i kiedy zostanie zrealizowane (milestones & checkpoints).
6. Ostatnim rozdziałem dokumentacji powinna być bibliografia.

• Projekt 1, program demonstracyjny

  Napisać aplikację, która pozwala zrozumieć działanie wskazanego algorytmu/algorytmów. Pożądane jest, aby aplikacja mogła być uruchamiana przez przeglądarkę (być może zaimplementowana w JavaScript + HTML5). Użytkownik może wprowadzić własne dane i śledzić (krok po kroku) sposób wykonywania obliczeń. Wybierając to zadanie proszę wskazać algorytm, który będzie obrazowany. Przykłady algorytmów:

  • Porównanie algorytmów sortowania sekwencji, np. sortowanie przez zliczanie (key-index counting), LSD Radix Sort, MSD Radix Sort, Quicksort.
  • Sprawdzenie wystąpienia danej sekwencji w zadanym zbiorze sekwencji (wykorzystanie np. R-way tries). (Status: Zajęty; Zespół: Piotr Siatkowski)
  • Badanie podobieństwa dwóch sekwencji - algorytm Needlemana-Wuncha z afiniczną funkcją kary za przerwę. (Status: Zajęty; Zespół: Adam Dunajewski, Damian Krystkiewicz, Jacek Malczyk)
  • Badanie podobieństwa dwóch sekwencji - algorytm Smitha-Watermana z afiniczną funkcją kary za przerwę. (Status: Zajęty; Zespół: Michał Kielak, Konrad Miziński)
  • Wyszukiwanie wzorca: Knutha-Morrisa-Prata. (Status: Zajęty; Zespół: Michał Bemowski, Michał Karpiuk)
  • Obliczania macierzy podobieństwa metodą BLOSUM. (Status: Zajęty; Zespół: Adrian Kaleta, Daniel Krakowiak, Mateusz Smarzewski)
  • Wyszukiwania sekwencji podobnej do danej metodą BLAST. (Status: Zajęty; Zespół: Edward Miedziński, Jacek Żebrowski)
  • Wyszukiwania sekwencji podobnej do danej metodą FASTA.
  • Obliczanie sekwencji na podstawie odczytów metodą grafu de Bruijna.
  • Algorytm oparty na ukrytym modelu Markova. (Status: Zajęty; Zespół: Magdalena Rybak, Karol Tarasiuk, Paweł Wysocki)

• Projekt 2, analiza NoSQL

  Zbadanie potrzeby i możliwości wykorzystania baz danych NoSQL do przechowywyania danych biologicznych i medycznych. Przedstawienie aktualnie wykorzystywanych baz danych i realizacja prototypu systemu wykorzystującego bazę/bazy NoSQL do tego typu zastosowań.

• Projekt 3, mieszaniny DNA (Status: Zajęty; Zespół: Anna Głowala, Rafał Kobel)

  Przy badaniu DNA dla celów kryminalistycznych określa się warianty w wybranych miejscach genomu (nazywanych markerami), patrz wykład dotyczący profili genetycznych. Napisz aplikację, która dla danego profilu mieszaniny (obejmującego wiele markerów) obliczy wszystkie możliwe profile dla dwóch osób i dla trzech osób, a następnie określi poprawne profile drugiej osoby (zakładając, że w mieszaninie będą dwie osoby i profil pierwszej osoby jest znany), lub drugiej i trzeciej osoby (zakładając, że w mieszaninie będą trzy osoby).

• Projekt 4, projekt własny (Status: Zajęty; Zespół: Przemysław Lenart)